Dado a multissetorialidade do programa, formou-se um arranjo institucional constituído por 11 órgãos estaduais, dos quais três já tiveram suas principais atividades encerradas no Programa (SEET, SEPA e IEPTEC). Nesse arranjo, a principal função da SEPLAG é de coordenação, por meio da Unidade de Gestão do Programa (UGP/PROSER), enquanto os demais órgão são responsáveis pela a execução das ações finalísticas.